Das eXplorarium kooperiert mit sechs Grundschulen in Berlin und Brandenburg, um schuleigene Lernwerkstätten aufzubauen und pädagogisch zu begleiten: die Anna-Lindh-Schule, die Heinrich-Zille-Grundschule, die Erika-Mann-Grundschule, die Richard-Grundschule, die Sigmund-Jähn-Grundschule und bereits seit 2011 die Hans-Fallada-Schule. Die Zusammenarbeit wird hauptsächlich ermöglicht durch das Bonus-Programm und andere schulbezogene Fördermittel. Im Doppelhaushalt 2020/2021 der Berliner Senatsbildungsverwaltung wurden auf Initiative der bildungspolitischen Sprecher*innen schulunabhängige Mittel eingestellt, um den Transfer der Projektergebnisse an neue Schulen zu ermöglichen – dies führte bereits zur Aufnahme zweier Schulen ins Netzwerk.
An einigen ehemaligen eXplorarium-Netzwerkschulen konnte das Entdeckende Lernen bereits dauerhaft im Unterricht verankert werden: Die von LIFE e.V. aufgebaute Lernwerkstatt wird an der 1. Gemeinschaftsschule auf dem Campus Rütli selbstständig weitergeführt. An der Peter-Peterson-Schule hat das Entdeckende Lernen seinen Platz im Projektunterricht mit den Lehrkräften der Stammgruppen gefunden. Die Albert-Schweitzer-Schule arbeitet weiterhin selbstständig mit den Kursen unserer Moodle-Lernplattform. An der Nürtingen-Grundschule wird die Lernwerkstatt weiterhin ermöglicht durch das bezirklich geförderte Curioso Kinderlabor, die Rixdorfer Schule kooperiert nun mit dem FiPP e.V. An der Theodor-Storm-Grundschule ist die Lernwerkstatt zum gemeinsamen Projekt mit der AWO geworden.
Von 2006 bis 2022 hat das eXplorarium aus ESF-Mitteln viele weitere Schulen mit Modellkursen des Entdeckenden Lernens und IT-Fortbildungen (Basiskenntnisse, eLearning-Kursentwickler/in und Advanced Multimedia Teacher) unterstützt: die Allegro-Grundschule, die Grundschule am Schäfersee, die Hunsrück-Schule, die Modersohn-Schule, die Kurt-Tucholsky-Schule, die Otto-Wels-Schule, die Romain-Rolland-Schule, die Hugo-Heimann-Schule, die Hermann-von-Helmholtz-Schule, die Sonnen-Grundschule, die Adolf-Glaßbrenner-Schule und die Walter-Gropius-Schule.